Одним из рекомендательных органов управления ТИНРО-Центром является Ученый совет, созданный при генеральном директоре.

В состав Ученого совета входят заместители генерального директора по науке, ученый секретарь, заведующие отделами и лабораториями, ведущие ученые – специалисты по всем основным направлениям проводимых исследований.

Традиционно на заседаниях Ученого совета рассматриваются и всесторонне обсуждаются планы и программы, а также важнейшие результаты научно-исследовательских работ, выполняемых институтом; определяются приоритетные направления исследований. Широко, с приглашением представителей администрации Приморского края, рыбохозяйственных организаций обсуждаются прогнозы различной заблаговременности и рекомендации по вылову основных объектов промысла на дальневосточном бассейне.

Ученый совет решает вопросы, связанные с аттестацией и подготовкой научных кадров, делает представления в диссертационные советы и Высшую аттестационную комиссию о присвоении ученых степеней и званий.

Первое в истории дальневосточной рыбохозяйственной науки заседание Ученого совета ТИНРО состоялось 18 сентября 1925 года. На нем были определены основные задачи и направления исследований, утверждены устав и общий план развития в то время Тихоокеанской научно-промысловой станции.