ТИНРО-Центр сотрудничает с рядом зарубежных научно-исследовательских институтов и рыбохозяйственных ассоциаций, среди которых:

Институты Комплексного рыбохозяйственного научно-исследовательского центра Японии (FRA);

Государственный институт исследования и развития рыбного хозяйства Республики Корея (NIFS),

Всеяпонская ассоциация рыбопромышленников (JFA),

Аляскинский центр рыбохозяйственных исследований (AFSC, NOAA),

Также ТИНРО-Центр сотрудничает с зарубежными государственными структурами, как например, Департамент рыболовства Японии (FAJ), Национальная служба морского рыболовства США (NMFS), Министерство рыбного хозяйства Корейской Народной Демократической Республики (МРХ КНДР).

Сотрудники ТИНРО-Центра на регулярной основе представляют Россию во время встреч международных научных организаций, таких как  Комиссия по рыболовству в северной части Тихого океана (NPFC), Организация по морским наукам в северной части Тихого океана (PICES), международный совет по изучению головоногих моллюсков (CIAC), в заседаниях региональных рыбохозяйственных организаций, таких как Комиссия по анадромным рыбам северной части Тихого океана (NPAFC), научный и технический комитет стран-участниц Конвенции по сохранению ресурсов минтая и управлению ими в центральной части Берингова моря, в работе российско-американского Межправительственного консультативного Комитета по рыбному хозяйству.